Un filtre approprié assure une eau saine et propre dans le bassin en filtrant les déchets. La filtration a lieu dans la partie mécanique du filtre, les déchets sont éliminés via des substrats mécaniques (mousses, tapis japonais...). Dans la partie biologique, les substances nocives sont éliminées par des bactéries via des substrats biologiques (Zéolite, bioblocks…). Les filtres sont disponibles en plusieurs tailles et types différents.